00001
00002
00003
00004
00005
00006
00007
00008
00009
00010
00011
00012
00013
00014
00015
00016
00017
00018
00019
00020
00021
00022
00023
00024
00025
00026
00027 #ifndef CRYSTAL_ATOM_H
00028 #define CRYSTAL_ATOM_H
00029
00030 #include <list>
00031 #include <libxml/parser.h>
00032 #include <libxml/parserInternals.h>
00033 #include <libxml/xmlmemory.h>
00034 #include "atom.h"
00035 #include "chemistry.h"
00036
00037 using namespace std;
00038
00039 namespace gcu
00040 {
00041
00045 class CrystalAtom : public Atom
00046 {
00047 public:
00048
00049
00050
00051 CrystalAtom();
00052
00053
00054
00055 virtual ~CrystalAtom();
00056
00057 public :
00058
00059
00060
00061
00062
00063
00064
00065
00066 CrystalAtom(int Z, double x, double y, double z);
00072 CrystalAtom(CrystalAtom& caAtom);
00073
00074
00075
00076
00077
00078 CrystalAtom& operator=(CrystalAtom& caAtom);
00079
00083 void Draw();
00092 void SetColor(float red, float green, float blue, float alpha);
00096 void SetDefaultColor();
00100 bool HasCustomColor() {return m_bCustomColor;}
00110 void GetColor(double *red, double *green, double *blue, double *alpha);
00116 void SetSize(double r);
00120 double GetSize();
00125 bool operator==(CrystalAtom& caAtom);
00130 void Cleave() {m_nCleave++;}
00139 double ScalProd(int h, int k, int l);
00152 void NetToCartesian(double a, double b, double c, double alpha, double beta, double gamma);
00165 double Distance(double x, double y, double z, bool bFixed);
00169 double r() {return m_Radius.value;}
00173 const GcuAtomicRadius& GetRadius() {return m_Radius;}
00177 void SetRadius(const GcuAtomicRadius& r);
00181 bool IsCleaved() {return m_nCleave != 0;}
00188 virtual bool SaveNode(xmlDocPtr xml, xmlNodePtr node);
00194 virtual bool LoadNode(xmlNodePtr node);
00195
00196 protected:
00200 float m_fBlue;
00204 float m_fRed;
00208 float m_fGreen;
00212 float m_fAlpha;
00216 bool m_bCustomColor;
00220 GcuAtomicRadius m_Radius;
00226 int m_nCleave;
00227 };
00228
00232 typedef list<CrystalAtom*> CrystalAtomList;
00233
00234 }
00235
00236 #endif // CRYSTAL_ATOM_H